سرورمان شريف مرتضى در رجب سال 355 پا بجهان نهاد، و در روز يكشنبه 25 ربيع الاول سال 436 دار فانى را وداع گفت، اين گفت مورخين است جز اينكه اختلاف ناچيزى در سخن برخى مشهود است كه مورد توجه قرار نگرفته است، فرزندش بر او نماز خواند و پيكر شريف او را ابو الحسين نجاشى در معيت شريف ابو يعلى محمد بن حسن جعفرى و سلار بن عبد العزيز ديلمى غسل دادند "رك: رجال نجاشى 193 "و غروب همان روز در خانه خودش بامانت بخاك رفت، سپس به بارگاه مقدس حسينى منتقل و در كنار پدر و برادرش شريف رضى دفن شد، مقبره مخصوص آنان در حائر شريف حسينى معروف و مشهور بوده است، آن چنانكه در عمده الطالب و صحاح الاخبار، و درجات الرفيعه ياد شد است.
درباره سيد مرتضى سخنان بى اساسى هم گفته شده، از جمله: نسبت اعتزال و يا تمايل باين مذهب را بدو بسته اند، و يا گويند كتاب " نهج البلاغه " از ساخته هاى او است از متقدمين: مانند ابن حزم و ابن جوزى و ابن خلكان و ابن كثير و ذهبى، و برخى ازمتاخرين هم بر قالب آنان خشت زده اند. و از آنجا كه بر اين سخنان واهى خود گواهى اقامه نكرده اند، و تاليفات شريف مرتضى باعتراف محققين و صاحب نظران بر خلاف اين دعاوى صراحت كامل دارد، از بحث كردن در پيرامون آن خوددارى كرديم، چنانچه در شرح حال شريف رضى، چگونگى. جمع آورى كتاب " نهج البلاغه " را بوسيله او باثبات رسانديم.
ابن كثير، در " بدايه و نهايه " ج 53/12بهنگام ترجمه شريف مرتضى، نسبتهاى ناروا و دشنامهاى شرم آورى به ابن خلكان داده است كه چرا شريف مرتضى رابا ثنا و ستايش ياد كرده، آنچنانكه ساير بزرگان شيعه را نيز به نيكى يادمى كرده است، البته " از كوزه همان برون تراود كه در اوست " ما در اينجابه ياوه هاى او پاسخ ديگرى نمى دهيم، جز آنچه قرآن مجيد فرمايد: "و اذا خاطبهم الجاهلون قالوا سلاما".