هاجر رسول اللَّه صلى اللَّه عليه و آله إلى المدينة ثم تبعته الزهراء و أم كلثوم، و هناك روايتان عن هجرتهما، تذهب الأولى إلى أن النبي صلى اللَّه عليه و آله قد بعث زيد بن حارثه و أبارافع، و أعطاهما بعيرين و خمسائة درهم إلى مكة، فقدما عليه بفاطمة و أم كلثوم ابنتيه، و سودة بنت زمعة زوجته، و أسامة بن زيد، و أمة أم أيمن، و تذهب الرواية الثانية إلى أن النبي صلى اللَّه عليه و آله لما هاجر إلى المدينه نزل في بني عمرو بن عوف قباء، و من هناك كتب إلى علي، رضي اللَّه عنه، مع أبي واقد الليثي، يأمره بالقدوم إليه، فخرج علي بالفواطم (فاطمة الزهراء و فاطمة بنت أسد أم علي، و فاطمة بنت الزبير بن عبدالمطلب) و أم كلثوم، و معه أيمن ابن أم أيمن مولى رسول اللَّه صلى اللَّه عليه و آله و أبوواقد الليثي، و سار الركب، و علي راسه فتى الإسلام علي بن أبي طالب، حتى إذا ما كانوا علي مقربه من «ضحنان» (و هي حرة بمكة على مبعدة 54 كيلاً في طريق المدينة تعرف اليوم بحرة المحسنية) أدركهم الطلب، و هم ثمانية فرسان ملثمون، و معهم مولى لحرب بن أمية يدعى جناح، فقال علي لأيمن و أبي واقد: أنيخا الإبل و اعقلاها، و تقدم فأنزل النسوة، و دنا القوم، فاستقبلهم الإمام، فقالوا: ظننت أنك يا غدار ناج بالنسوة، إرجع لا أباً لك، قال علي: فان لم أفعل، قالوا لترجعن راغماً، أو لترجعن بأكثرك شعراً (أي رأسك) و أهون بك من هالك، و دنا الفوارس من المطايا ليثيروها، فحال علي بينهم و بينها، فأهوى له جناح بسيفه، فراغ علي عن ضربته، و ضربه ضربة على عاتقه فقدّه نصفين حتى وصل السيف إلى كتف فرسه، و شدّ على أصحابه، و هو على قدميه، فتفرقوا، ثم سار ظافراً حتى نزل منزلاً بعد ضحنان، فبات فيه يومه وليله، و لحق به نفر من المستضعفين من المؤمنين، فيهم أم أيمن مولاة رسول اللَّه صلى اللَّه عليه و آله، ثم ساروا في طريقهم نحو المدينة حتى وصلوها بعد أيام، و فرح رسول اللَّه صلى اللَّه عليه و آله بوصول أهل بيته، و انزل الزهراء و أم كلثوم معه منزلاً كريماً على أم أيوب الأنصارية الخزرجية امرأة أبي أيوب الأنصاري (خالد بن زيد النجاري) و هو ممن شهد العقبة و بدراً و أحد و الخندق و سائر المشاهد مع رسول اللَّه صلى اللَّه عليه و آله، و كان مع الإمام علي، و من خاصته، و شهد معه الجمل و صفين و كان علي مقدمته يوم النهروأن.
و بقيت الزهراء مع أبيها النبي صلى اللَّه عليه و آله في بيت أبي أيوب، حتى إذا ما تزوج الرسول صلى اللَّه عليه و آله سودة بنت زمعة القريشة بعد خديجة، و اتخذ لها داراً بالمدينة، فانتقلوا جميعاً إلى تلك الدار، فكانت سودة تتولى الزهراء وتقوم بحاجتها، ثم تزوج نبي اللَّه أم سلمة بنت أمية المخزومية، فانتقلت الزهراء إلى بيت أم سلمة رضي اللَّه عنها و هي صاحبه القول المشهور «تزوجني رسول اللَّه صلى اللَّه عليه و آله و فوض إليّ أمر ابنته فاطمة، فكنت أؤدبها و أدلها، و كانت و اللَّه آدب مني، و أعرف بالأشياء كلها»، إلى أن بنى بها علي رضي اللَّه عنه فانتقل بها الي بيت مستقل في موضع الزور، فخرج رسول اللَّه صلى اللَّه عليه و آله، و قد كان السلف الصالح و من اقتدى بهم لا ينسون حظهم من الصلاة الي الاسطوانه التي خلف الاسطوانه المواجهة للزور، فإنها كانت باب فاطمة التي كان يدخل اليها علي منها، و قد كان رسول اللَّه صلى اللَّه عليه و آله ياتيه و يأخذ بعضادتى الباب، و يقول «السلام عليكم أهل البيت، و الصلاة الصلاة (ثلاث مرات) ثم يقرأ (إنما يريد اللَّه ليذهب عنكم الرجس أهل البيت و يطهركم تطهيرا).
