ميان اهل خبر و سير در باب دفن سر مقدس حضرت سيدالشهداء اختلاف است برخى معتقدند پس از آنكه يزيد پليد چند روز سر مطهر را در درب دروازه شام آويخت حكم كرد آن سر را در خزانه نهادند و همچنان سر در خزانه بنى اميه بود تا زمان سليمان عبدالملك، او سر را خواست و آوردند، هنوز معطر و منور بود دستور داد صندوق كوچكى ساختند و آن سر را در آن نهادند طيب و عطر بر آن افشانده، كفن كردند و نماز بر آن خوانده و در مقبره مسلمين دفن كردند و در زمان عمر بن عبدالعزيز وى احوال آن سر منور را پرسيد گفتند در مقبره مسلمانان دفن شده حكم كرد قبر را نبش كردند و سر را بيرون آورده به كربلا فرستاد و در آنجا دفن كردند.
ابوريحان بيرونى در كتاب آثار الباقيه مى ‏گويد:
در بيستم ماه صفر سر مطهر امام حسين (عليه السلام) به بدن شريفش ملحق شد.
از منصور بن جمهور نقل شده كه گفت داخل خزينه يزيد بن معاويه شدم سر مطهر امام حسين (عليه السلام) را در آنجا ديدم كه معطر و منور بود به غلام خود گفتم پارچه‏اى بياور، آورد سر را كفن كردم و در نزد باب الفراديس نزديك برج سوم در جانب شرقى دفن نمودم.
پاره‏اى مى ‏گويند: آن سر مطهر در نزد قبر اميرالمومنين (عليه السلام) مدفون است و اعتقاد اماميه بر آن است كه سر مطهر بالاخره به بدن شريف ملحق شد والله العالم.
تمام شد كتاب شريف از مدينه تا مدينه مشتمل بر شرح احوالات خامس آل عبا سلام الله تعالى عليه در شب دوم ماه ذيقعدةالحرام سنه 1420 هجرى قمرى به دست ناتوان بنده كمترين سيد محمد جواد ذهنى تهرانى نزيل قم المشرفه و از خداوند منان درخواست مى ‏كنم كه اين خدمت ناچيز و ناقابل را از بنده كمترين به شايستگى قبول فرموده و آن را ذخيره براى يوم المعاد منظور نمايد.
به محمد و آله الطاهرين آمين يا رب العالمين