محدث قمى به توصيه حضرت آية الله حاج آقا حسين قمى رضوان الله عليه داماد مرحوم آية الله حاج آقا احمد طباطبائى قمى برادر بزرگ آية الله حاج آقا حسين قمى شد و فرزندان شايسته او ثمره اين ازدواج مى باشند.
محدث قمى چهار فرزند داشت ؛ دو پسر و دو دختر: فرزند ارشد آن مرحوم ، واعظ دانشمند مرحوم حجة الاسلام و المسلمين حاج ميرزا على آقا محدث زاده در سال 1338 قمرى متولد گرديد. او كه تصحيح و مقابله و چاپ برخى از آثار پدر را به عهده گرفت ، در روز يازدهم محرم 1396 قمرى در تهران به رحمت ايزدى پيوست . پيكر آن مرحوم با احترام به شهر مقدس قم حمل و در قبرستان (( شيخان )) مدفون شد. از آن مرحوم پنج فردند باقى ماند: فاضل محترم جناب آقاى حسين محدث زاده ، آقاى مهندس عباس محدث زاده و آقاى دكتر حسن محدث زاده و دو دختر.
فرزند ذكور ديگرش حجة الاسلام و المسلمين حاج ميرزا محسن آقا محدث زاده از علماء و روحانيون تهران مى باشد. او نيز در احياء آثار پدر نقش مؤ ثرى داشته و دارد. فرزندان ايشان عبارتند از: جناب آقاى شيخ مهدى محدث زاده و آقاى دكتر محمد رضا محدث زاده و آقاى امير حسين محدث زاده (كه به تحصيل علوم دينى سرگرمند).
داماد بزرگ مرحوم محدث قمى جامع المعقول و المنقول مرحوم آقاى حاج آقا مصطفى طباطبائى قمى نيز از وعاظ و روحانيون محترم تهران بودند كه چهار فرزند ذكور داشتند: مرحوم آقاى سيد محمد طباطبايى و آقايان سيد احمد و سيد امير و سيد عليرضا و دو دختر كه يكى از ايشان در حادثه تصادف از دنيا رفتند.
داماد ديگر ايشان آقاى حاج سيد حسين ماهوتچى از مردان خير و خدمتگزار بود. ايشان داراى فرزند نمى باشند.