عثمان بن عفان از شورایی که عمر بن خطاب تعیین می کند سر بر می آورد و بر اریکه حکومت تکیه می زند، او از همان آغاز ، خلافت خود را بر خلاف سیره پیامبر استوار می سازد ، رفتار او چه در تعامل با مردم و اصحاب پیامبر و چه در برخورد با احکام الهی به گونه ای است که مردم زبان به اعتراض می گشایند و او را به رویارویی با سنت نبوی و شکستن حریم دین متهم می کنند ولی او که سخت تحت تاثیر اطرافیان زشت اندیش و کج رفتارش است هرگز خطر را جدی نمی گیرد و به اعتراض ها و انتقادها توجهی نمی کند .
عثمان به سال 33 هجری گروهی از صالحان و بزرگان کوفه را که برخی از اصحاب پیامبر خدا در میان آنان بودند تبعید می کند ؛ (تاریخ طبری ج4 ص322 ، الکامل فی التاریخ ج2 ص267)
مدتی پس از این جریان به سال 34 هجری کوفیان شورش می کنند و خواستار عزل سعید بن عاص فرماندار کوفه می شوند ، عثمان به اعتراض آنها توجه نمی کند اما کوفیان با پافشاری بر خواسته خویش با مقاومت از ورود سعید بن عاص به کوفه جلوگیری می کنند ، عثمان بر اثر مقاومت کوفیان سعید را که از نزدیکانش است عزل می کند و ابو موسی را که مورد قبول کوفیان بود به حکومت آن دیار می گمارد ؛ (انساب الاشراف ج6 ص156 ، الفتوح ج2 ص384)
در همین سال صحابیان پیامبر خدا به یکدیگر نامه می نویسند و ضمن انتقاد از خلیفه ، انقلاب بر ضد عثمان را پی می نهند و در نامه آنان به سربازان و مجاهدان چنین می آید که اگر خواستار جهاد هستید به نزد ما آیید ؛ (تاریخ طبری ج4 ص367 ، الکامل فی التاریخ ج2 ص287)
امیرمؤمنان (علیه السلام) اعتراض صحابیان را به عثمان می رساند و او را با لحنی آرام پند می دهد ، اما عثمان در سخنرانی بسیار تندی معترضان را مورد عتاب قرار داده و آنان را تهدید می کند ؛ (تاریخ طبری ج4 ص336 ، البدایه و النهایه ج7 ص168)
طلحه و برخی دیگر از اصحاب پیامبر خدا به مصر و آبادی های دیگر جامعه اسلامی نامه می نویسند و آنان را به قیام بر ضد عثمان فرا می خوانند ؛ (الامامه و السیاسه ج1 ص53 ، انساب الاشراف ج6 ص201)
در پی این فراخوانی ها و بی توجهی خلیفه به انتقادها ، گروه های گوناگونی از مصر و کوفه و بصره به مدینه می آیند و همراه با صحابیان پیامبر عثمان را محاصره می کنند و از او می خواهند که حکومت را رها کنند ؛ (مروج الذهب ج2 ص352 ، تاریخ المدینه ج4 ص1155)
در این خیزش عایشه و طلحه و عمروبن عاص از جمله کسانی هستند که در تشدید قیام بر علیه عثمان نقش اساسی دارند (شرح نهج البلاغه ج9 ص17 ، اسد الغابه ج3 ص261)
در این هنگام بود که عایشه می گفت : « این پیر خرفت را بکشید ، خدا او را بکشد. (تاریخ طبری ج 4ص458 ، الکامل فی التاریخ ج2 ص312)
عثمان در برابر این خیزش از علی (علیه السلام) می خواهد که انقلابیون را از اهدافشان باز دارد و در مقابل متعهد می شود که شیوه حکومت داری را تغییر دهد و بر اساس خواست آنان رفتار کند ، خطبه ای می خواند و صراحتا از گذشته خود توبه می کند؛ (تاریخ طبری ج4 ص358 ، البدایه و النهایه ج7 ص172)
محاصره پایان می پذیرد و مصریان با حاکم جدید خود محمد بن ابی بکر راهی مصر می شوند و مسلمانان دیگر نیز آهنگ بازگشت می کنند اما توبه عثمان زیاد طول نمی کشد و او تمام وعده های خود را زیر پا می گذارد و توسط غلام خودش برای حاکم مصر عبدالله بن ابی سرح نامه می نویسد که تمام انقلابیون مصری را بکشد ، نامه به دست انقلابیون می افتد و آنان دو مرتبه به مدینه بازگشت می کنند ؛ (الامامه و السیاسه ج1 ص55 - تاریخ المدینه ج4 ص1160 - الفتوح ج2 ص410)
این بار عثمان به معاویه روی می آورد و از او می خواهد که او را نجات دهد اما معاویه که تشنه قدرت است به یاری او نمی شتابد تا با کشته شدن عثمان و بهانه یاختن خونخواهی اش به خلافت دست یابد ؛(تاریخ طبری ج4 ص368 - الکامل فی التاریخ ج2 ص288)
محاصره دوم چهل روز طول می کشد و در این محاصره صحابیان بزرگ پیامبر(صلی الله علیه و آله) ، انقلابیون را یاری می رسانند و عثمان در روز هجدهم ذی الحجه سال 35 هجری با نفوذ انقلابیون به خانه اش کشته می شود ؛ (تاریخ طبری ج4 ص382 - تاریخ المدینه ج4 ص1193 - مروج الذهب ج2 ص 355)