تأسیس حوزه علميه سامرا با ورود امام هادى و امام حسن عسكرى (ع) به اين شهر آغاز مى شود كه امام به صورت حضورى و مكاتبه اى به نشر معارف الهى مى پرداخت و تعيين وكلا و نمايندگان از طرف ايشان در شهرهاى مختلف ايران و عراق و حجاز در حكم گسيل دانشمندان به حوزه هاى جديد شيعى بود. چنانكه دكتر جاسم حسين بنابر اخبار تاريخى مناطق اعزام نمايندگان امام(ع) را به چهار قسمت عمده تقسيم مى كند: ناحيه بغداد، مدائن، سواد و كوفه - ناحيه بصره و اهواز - ناحيه قم و همدان - ناحيه حجاز، يمن و مصر، به عنوان نمونه بايد به برخى از روايات اشاره كرد كه سوال «محمد بن على كاشانى» در موضوع توحيد و پاسخ امام هادى(ع) رانقل كرده اند و اين غير از ارتباطاتى است كه در مورد اخذ وجوهات شرعى انجام مى گرفته است.
در مكتب امام هادى(ع) به نكات زير بر مى خوريم: اصالت قرآن ، نشر كلام شيعى ، نشر فرهنگ دعا و زيارت ، برخورد قاطع با دشمن عقيدتى و سياسى
امام(ع) در جواب نامه اى كه از «جبر و تفويض» سؤال شده است جايگاه قرآن و اصالت آن را اين گونه بيان مى دارد: «بدانيد خدايتان رحمت كند كه ما در روايت و اخبار بسيارى كه وارد شده نگريستيم و چنين يافتيم كه آنچه همه فرق اسلام كه خدا را مى شناسند نقل كرده اند از دو گونه خارج نيست يا حق است كه بايد پذيرفت يا باطل است كه بايد رد كرد.
و امت همه اتفاق دارند كه «قرآن» نزد همه فرقه هاى اسلام حق است. همگى به حقانيت آن اعتراف دارند و در اين مساله به حقيقت رسيده و حق را يافته اند چون پيغمبر (ص) فرموده: «امت من همه با هم گمراه نشوند» و خبر داده كه «آنچه مورد اجماع امت باشد حق است به شرط اينكه هيچ اختلافى در ميان نباشد» و قرآن حق است و درباره نزول آن از جانب خدا و درستى اش اختلافى نيست. پس اگر حديثى مورد تصديق و تأييد قرآن بود و جمعى از امت منكر شدند به ناچار بايد دست از انكار بكشند و بدان اقرار كنند به حكم اينكه همه صحت قرآن را پذيرفته اند. و اگر به جحد و انكار ادامه دهند محكوم به خروج از دين اند.
آنگاه نخسين خبرى را كه مورد تصديق قرآن كريم است آورده و قرآن را بر صحت آن گواهى گرفته است و آن حديث جز حديث «ثقلين» نيست كه با آيه «انما وليكم الله» راست مى آيد»
امام على النقى (ع) با توجه به ماجراى مرموز صوفيه در عصر خويش كه مردم را از حضور سياسى و عبادت واقعى دور مى دارند با نشر فرهنگ دعا و زيارت و با عرفان ناب شيعى به ستم ستيزى و دشمن شناسى مى پردازد و لزوم دوستى اهل بيت عصمت را ياد آور مى شود.
امام على النقى(ع) پس از بيست سال تبعيد در سامرا در سال 254 هجرى با زهر به شهادت مى رسد و امام حسن عسكرى (ع) امامت امت را بر عهده مى گيرد دوره امامت امام حسن عسكرى(ع) همه در سامرا سپرى شده است و از اين رو به ايشان «عسكرى» مى گويند حضور امام در اين شهر مى توانست براى حوزه علميه سامرا نقش آفرين باشد ليكن امام همواره تحت نظر بود و شيعيان كمتر مى توانستند با ايشان ملاقات كنند.
پس از شهادت امام حسن عسكرى(ع) حضرت مهدى(عج) به امامت رسيد كه دوران امامت ايشان به دو عصر غيبت صغرى و كبرى منجر گرديد و در عصر غيبت صغرى نواب خاص ايشان عموما در بغداد سكنى گزيدند و حوزه سامرا از رونق افتاد.
