چنانكه قبلاً نيز اشاره شد بسياري از شبهات و اشكالات قفاري برخواسته از كج فهمي و بي اطلاعي وي از مباني و زيربناهاي اساسي شيعه است كه در مباحث اعتقادي، مورد استناد قرار ميگيرد؛ در اينجا نيز همان اشكال از سوي وي تكرار گرديده و شبههاي از سوي وي مطرح گرديده كه نكات زير بر قفاري مخفي مانده است:
اول: معنى روح و حقيقت آن.
دوم: سير تكاملي روح.
سوم: راههاي دريافت علوم الاهي و فيوضات ربّاني براي روح.
چهارم: معناى عروج و بازگشت روح به عرش الاهي.
پنجم: حقيقت عرش.
ششم: فضيلت روز جمعه.